Ban Giám đốc:
Bác sỹ CKI Cứ A Hồng – Giám đốc
Bác sỹ CKI Nguyễn Thùy Giang – Phó Giám đốc
Bác sỹ Nguyễn Văn Thế – Phó Giám đốc

Cơ cấu tổ chức của Trung tâm
+ Các phòng chức năng, gồm:
– Phòng Tổ chức – Hành chính;
– Phòng Kế hoạch – Nghiệp vụ;
– Phòng Tài chính – Kế toán;
– Phòng Điều dưỡng;

+ Các Khoa chuyên môn, gồm:
– Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;
– Khoa Y tế công cộng và Dinh dưỡng;
– Khoa An toàn thực phẩm;
– Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản;
– Khoa Ngoại -Liên Chuyên khoa (Răng Hàm Mặt – Mắt – Tai Mũi Họng);
– Khoa Khám bệnh;
– Khoa Nội – Hồi sức cấp cứu – Truyền nhiễm;
– Khoa Nhi;
– Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;
– Khoa Dược – Trang thiết bị – Vật tư y tế;
– Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn;
– Khoa Xét nghiệm và Chẩn đoán hình ảnh;
– Cơ sở điều trị các chất dạng thuốc phiện bằng thuốc thay thế.